GNU lanza el proyecto Free Call, un Skype libre

“Libre como la libertad, pero sin costes”. Así comienza el décálogo que acaban de publicar Haakon Eriksen y David Sugar, los dos nombres que se encuentran detrás de esta increíble y revolucionaria iniciativa para usos de organizaciones de ámbito político o social. El proyecto Free Call de GNU en el que se tratará de desarrollar e implementar servicios seguros de comunicación auto-organizados alrededor del mundo para uso privado o bien para el ámbito de las administraciones públicas. ¿Cómo? Utilizando GNU SIP Witch, una implementación libre (licencia GPL) del protocolo SIP para crear redes de malla conforme al paradigma Peer-to-Peer (P2P), que sirvan de plataforma confiable de comunicaciones para hacer llamadas sobre Internet.

Qué es

Tal y como muestran en la página abierta hace unas horas, el objetivo con Free Call es conseguir un uso similar al de programas como Skype (multiplataforma) pero con grandes diferencias. A saber:

• Sin necesidad de un proveedor de servicios centrales de registro

• Sin necesidad de utilizar protocolos cuyo código fuente no está disponible (tal es el caso de Skype), con posibles puertas traseras impuestas por sus diseñadores

• Sin tener puntos de control de red de cualquier tipo que puedan ser explotadas por agentes externos

• Las redes de malla podrán eliminar posibles posibles puntos de control de servicios incluso si las redes están aisladas en situaciones de emergencia civil. Como sistema P2P que es, podrá tener fallos

Como ellos mismo indican, la construcción de un proyecto así puede tener grandes implicaciones tanto políticas como sociales, pensemos los usos que se le podrían dar. El sistema podría incluso ofrecer utilidad en el servicio público(como puede ser de carácter sanitario) al permitir la continuación de los servicios en situaciones de emergencia o de corte deliberado de las infraestructuras sin necesidad de comunicación existente.

Cómo

Los programadores los explica así:

El desarrollo de GNU Free Call inicialmente se extenderá en Sip Witch (servidor de llamada telefónica basada en SIP) para conocer los nodos del mismo nivel mediante el apoyo a hosts de caché para a continuación admitir la publicación de las rutas a los pares conectados. El trabajo se basa en el enrutamiento en Sip Witch por sí mismo. El uso de caches de acogida es un mecanismo utilizado en las redes P2P y se ajusta a los objetivos iniciales de creación de una red de malla auto organizada. Metodologías más avanzadas se pueden añadir más tarde…

El proyecto tratará de realizar un funcionamiento que “dialogue” como un servicio entre los usuarios de ordenadores domésticos SIP y las IP habilitadas para los smartphones (lo que permitirá a los usuarios manejar entre ordenador o teléfono a través de una interfaz gráfica). Además se ofrecerá proxy seguro VoIP lo que permitirá el desarrollo de los elementos clave de la infraestructura sin necesidad de crear nuevas aplicaciones de usuario SIP. El proyecto utilizará GNU Privacy Guard (GPC) para automatizar totalmente la validación de la sesión a través de la ampliación del protocolo SIP para el intercambio de claves públicas.

Desde aquí no podemos más que apoyar este tremendo proyecto del que esperamos más noticias pronto. Iniciativa que se une a otros proyectos libres similares en el uso de SIP . Hablamos de un servicio similar a Skype totalmente libre para todo el ámbito público bajo SIP. Si estas interesado en participar en el proyecto, desde la web se abren una wiki para telefonía así como un correo SIp Sip Witch. Además, para debatir sobre la arquitectura central, privacidad o temas sobre las consecuencias sociales, abren este otro correo.

Fuente http://alt1040.com

Festival Latinoamericano de Instalación de Software Libre (FLISoL)

¿Qué es el FLISoL?

El Festival Latinoamericano de Instalación de Software Libre (FLISoL) es el evento de difusión de Software Libre más grande en Latinoamérica. Se realiza desde el año 2005 y desde el 2008 se adoptó su realización el 4to Sábado de abril de cada año. En 2011 por única vez será el día 9 de Abril.

Su principal objetivo es promover el uso del software libre, dando a conocer al público en general su filosofía, alcances, avances y desarrollo.

A tal fin, las diversas comunidades locales de software libre (en cada país/ciudad/localidad), organizan simultáneamente eventos en los que se instala, de manera gratuita y totalmente legal, software libre en las computadoras que llevan los asistentes. Además, en forma paralela, se ofrecen charlas, ponencias y talleres, sobre temáticas locales, nacionales y latinoamericanas en torno al Software Libre, en toda su gama de expresiones: artística, académica, empresarial y social.

¿Cómo me entero si en mi ciudad se realizará el evento?

Puedes revisar en Ciudades, allí podrás encontrar todas las ciudades sedes donde se realiza el evento, o puedes seguir los enlaces por países que aparecen en el menú a tu izquierda. Podrás encontrar información sobre el lugar de realización del evento y los contactos respectivos de las personas, grupos y entidades a cargo.
Si por otra parte, en tu país y/o ciudad no hay programado evento todavía, eres un entusiasta y estás interesado en organizar y/o promover, por favor consulta esta información.

Usuarios de Software Libre y de Software Privativo

Durante mucho tiempo solo use software privativo. No sabía de la existencia del software libre hasta mis últimos años de universidad. Cuando empecé a usar la computadora utilizaba solo el software que venía en la misma. Luego descubrí que existía software que podía utilizar si algún amigo me lo compartía, con el tiempo descubrí que eso era ilegal.

Fue entonces cuando estaba cerca de tener mis 15 años convencí a mi mamá que me compre Windows 95. Con el tiempo salieron nuevas aplicaciones y simplemente me era muy caro comprar todas las que mis amigos tenían. Entonces aprendí que era más fácil y práctico copiar todas estas aplicaciones, al igual que lo hacían mis amigos. Podía ser que estaba infringiendo la ley, pero era eso o no usar la computadora.

Luego en la universidad era peor, porque el software que utilizaba costaba en el orden de los cientos de dólares. Yo no tenía otra posibilidad que infringir la ley, al igual que todos mis compañeros y hasta profesores. Recuerdo que tenía profesores que nos decían donde comprar el software ilegal y como hacer para crakearlo.

Luego cuando descubrí el software libre, aprendí que copiar software no era malo. Es más los desarrolladores de software libre invitan a hacerlo. Descubrí toda una comunidad de usuarios dispuesta apoyarme en lo que necesitaba. En más de una ocasión llegué a tener comunicación directa con los desarrolladores de Software Libre. Hoy ayudo a empresas a compartir su software en la web y establecer enlaces. Algunos serán usuarios, otros socios de negocios, otros colaboradores y otros clientes.

He aquí la diferencia entre el usuario de software privativo y el de software libre. El de software privativo se ve obligado a infringir la ley y ve a las personas que desarrollan el software como inalcanzables. Los usuarios de software libre somos parte de una comunidad donde somos orgullos de mostrar el software que utilizamos y no infringimos la ley.

Fuente: Rafael Bonifaz

Bioinformática

De igual forma diremos que la bioinformática, según una de sus definiciones más sencillas, es la aplicación de tecnología de computadores a la gestión y análisis de datos biológicos. Los términos bioinformática, biología computacional y, en ocasiones, biocomputación, utilizados en muchas situaciones como sinónimos, hacen referencia a campos de estudios interdisciplinarios muy vinculados, que requieren el uso o el desarrollo de diferentes técnicas que incluyen informática, matemática aplicada, estadística, ciencias de la computación, inteligencia artificial, química y bioquímica para solucionar problemas, analizar datos, o simular sistemas o mecanismos, todos ellos de índole biológica, y usualmente (pero no de forma exclusiva) en el nivel molecular. El núcleo principal de estas técnicas se encuentra en la utilización de recursos computacionales para solucionar o investigar problemas sobre escalas de tal magnitud que sobrepasan el discernimiento humano. La investigación en biología computacional se solapa a menudo con la biología de sistemas.
Los principales esfuerzos de investigación en estos campos incluyen el alineamiento de secuencias, la predicción de genes, montaje del genoma, alineamiento estructural de proteínas, predicción de estructura de proteínas, predicción de la expresión génica, interacciones proteína-proteína, y modelado de la evolución.
Una constante en proyectos de bioinformática y biología computacional es el uso de herramientas matemáticas para extraer información útil de datos producidos por técnicas biológicas de alta productividad, como la secuenciación del genoma. En particular, el montaje o ensamblado de secuencias genómicas de alta calidad desde fragmentos obtenidos tras la secuenciación del ADN a gran escala es un área de alto interés. Otros objetivos incluyen el estudio de la regulación genética para interpretar perfiles de expresión génica utilizando datos de chips de ADN o espectrometría de masas.

Fuente : Miguel Quiliano Mesa

Los orígenes de la Bioinformática (IV): the rise of the machines

(Para los que sois nuevos en este blog, ésta es la cuarta entrega de una serie de entradas basadas en el material aportado por David, que es un artículo en Nature Reviews Genetics del año 2000 de Joel B. Hagen, titulado “The origins of bioinformatics”.)

Tras las 3 entregas anteriores, donde hemos visto cómo se descubrían y establecían algunos de los paradigmas sobre los que se sostiene la biología molecular moderna, todavía os estaréis preguntando “Éste es un blog de Bioinformática. ¿Y cuando salen los ordenadores?”. Pues ha llegado el momento de escribir sobre cómo se empezó a introducir el uso de los ordenadores, y cómo empezó a nacer la biología computacional.

A finales de los años 50 el mundo académico (en Estados Unidos, se entiende) empezó a tener acceso no restringido a los ordenadores, que hasta ese momento sólo habían tenido un uso militar. De todos los descubrimientos de esa época en el área de las ciencias de la vida, sólo se puede decir que los ordenadores tuvieron un papel determinante en la resolución de la estructura tridimensional de la mioglobina en 1957 (mediante la técnica de cristalografía de rayos X). Estos ordenadores estaban basados en válvulas de vacío, y se programaban a bajo nivel (no se podían reutilizar los programas), pero ayudaron a comenzar el desarrollo de técnicas computacionales y de desarrollo de software en el mundo académico.

Ya a principios de la década de 1960 había un acceso casi generalizado en el mundo académico a los ordenadores. Algunas universidades empezaron a comprar ordenadores de segunda generación, basados en transistores, que además empezaban a llevar lenguajes de alto nivel. El primer lenguaje en alto nivel disponible fue FORTRAN, que fue desarrollado inicialmente por IBM para sus máquinas, lo cuál permitió que se pudiera empezar a reutilizar los programas desarrollados en otros ordenadores con arquitecturas diferentes.

Y aquí entra en juego Margaret Oakley Dayhoff (sitio oficial http://www.dayhoff.cc/), una de las pioneras de la Bioinformática. Ella comenzó con una preparación en química cuantitativa y matemáticas, y alrededor de los años 60 empezó a estar interesada en el mundo de las proteínas y la evolución molecular. Tuvo un buen punto de partida para sus intereses científicos, al ser en aquella época directora asociada de la recién creada National Biomedical Research Foundation, una fundación interesada en la promoción y aplicación de las técnicas computacionales para ayudar en la investigación médica. Margaret Dayhoff empezó a explorar las distintas técnicas matemáticas para analizar los ya crecientes datos de secuencias de aminoácidos.

A lo largo de sus investigaciones recibió fondos de NIH (National Institutes of Health), NSF (National Science Foundation), NASA (National Aeronautics and Space Administration) y la corporación IBM. Estas investigaciones se movían en varios frentes, de los cuáles el primero fue la escritura de una serie de programas en FORTRAN para determinar la secuencias de aminoácidos de las moléculas de proteínas. Estos programas tomaban fragmentos de péptidos obtenidos de la digestión parcial de una proteína, y calculaban todas las posibles secuencias compatibles con los ensamblajes de esos péptidos. Estos programas servían para resolver el mismo puzzle que tuvieron que resolver a mano durante varios meses los equipos que secuenciaron la ribonucleasa o la insulina, con la diferencia de que sus programas fueron capaces de llegar a la solución correcta en unos pocos minutos para la ribonucleasa.

Margaret Dayhoff no fue la única en su época dedicada a la creación de estos primeros programas de ensamblaje. Todos los investigadores que trabajaban en aquella época en este campo se dieron inmediatamente cuenta de que la misma metodología se podrían aplicar al ensamblaje de secuencias genómicas cuando las técnicas experimentales estuvieran disponibles.

Los programas de análisis de secuencias en aquella época siguieron los principios introducidos por el analizador automático de aminoácidos de Stein y Moore. Tanto los programas como el aparato estaban enfocados en recopilar rápidamente una biblioteca de secuencias que pudiera ser usada en estudios de bioquímica comparativa y evolución molecular. Y para promocionar este objetivo, Dayhoff fundó el Atlas of Protein Sequence and Structure (atlas de secuencia y estructura de proteínas), una publicación anual que intentaba catalogar todas las secuencias de aminoácidos conocidas. De forma muy rudimentaria, ésta fue la primera base de datos de información sobre biología molecular, y se convirtió en el recurso indispensable para las primeras investigaciones computacionales.

Con el paso del tiempo (y la creación de internet y la web) esta publicación evolucionó hasta convertirse en 1983 en una de las principales bases de datos online, PIR (the Protein Information Resource). Se convirtió en un importante punto de partida, y un referente para la creación de otras bases de datos basadas en información molecular.

Fuente Madridasd

Los orígenes de la Bioinformática (III). Sabemos que llevan información, pero ¿cuál?

Una vez que quedó demostrado que las proteínas eran secuencias de aminoácidos donde importaba el orden de los mismos, y que se empezó a secuenciar cada vez más proteínas, el repositorio de información asociado a las proteínas secuenciadas empezó a crecer poco a poco, pero todavía no se habían establecido las correspondencias entre el código genético (el ADN, compuesto de nucleótidos) y las proteínas (compuestas de aminoácidos), ni entre la secuencia de una proteína y su estructura y funcionalidad.

A finales de 1950 los experimentos realizados por Christian Anfinsen y sus colaboradores mostraron que, una vez desnaturalizada la ribonucleasa (vamos, que perdió su conformación tridimensional y se quedó hecha un hilo), volvía a recuperar de forma espontánea su conformación tridimensional. Con ello quedó asentado el concepto de que la estructura tridimensional de una proteína está determinada única y exclusivamente por su secuencia de aminoácidos.

El problema bioinformático que hasta día de hoy no está resuelto de forma general es el de cómo calcular esa estructura tridimensional de la proteína a partir de la secuencia de aminoácidos. Dado que a nivel experimental es muchísimo más fácil secuenciar una proteína que obtener su estructura tridimensional mediante cristalografía de rayos X o resonancia magnética nuclear, la resolución del problema a nivel bioinformático simplificaría mucho la tarea en otras áreas. La estructura de una proteína determina su funcionalidad y participación en el metabolismo de los organismos, y proteínas con estructuras similares juegan papeles similares. Aunque dos proteínas con secuencias muy parecidas tienen siempre estructuras muy parecidas (y por tanto, funcionalidades muy parecidas), dos proteínas con secuencias distintas también pueden tener estructuras similares (por convergencia evolutiva) y por ello funcionalidades parecidas.

Y en la próxima entrega, la aparición de la biología computacional.

Fuente Madridasd